、承明、承义，将他们拉出宫门斩之。随后，他们又入了齐王府，找出李元吉之子承业、承鸾、承奖、承裕、承度，也是一刀斩之。侯君集又指挥众人将两府中人尽数赶出，将他们圈入大理寺狱中。独杨琚一人被侯君集带入天策府，原来李世民有交代，说杨琼独怜其妹，可将她交给杨琼看管。这样，东宫就为李世民空了出来，待李渊的册书一下，李世民即刻搬入了东宫。
李世民奏闻李渊，说为保安定，朝中官职一概不动，唯东宫官属需要重新授任，李渊准奏。当日，李世民任宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程咬金为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马。
李世民当了皇太子，其首先面临的就是如何处理东宫及齐王府旧属。
当时，侯君集正带领人员满城搜捕两府人员，已经逮捕了一百余人。按侯君集及一些将领的主意，这些人为李建成及李元吉鹰犬多年，作恶甚多，应将他们尽数诛杀，然后籍没其家。众将中独尉迟敬德不以为然，他在显德殿里向李世民说道：“如今二凶已伏诛，其子亦绝籍。至于其党，他们各为其主，也是朝廷任用的官吏。太子，敬德以为应赦其罪，这样对安定天下有好处。”
尉迟敬德在此次事件中功劳最大，李世民已将齐王府内的金帛器什尽数赏给他。李世民听了此话连连点头，赞道：“敬德有智有勇也就罢了，难得还有这般宽阔的胸襟。玄龄，你以为呢”
房玄龄说道：“敬德所言其实为太子初政的第一要事。如今京城之内，因大肆搜捕建成和元吉余党，人心惶惶，亟须安定。玄龄以为，凶逆之罪，止于建成、元吉，对其余党，可以一概不问。可请皇上下诏大赦天下，以安人心。”
杜如晦道：“还有，天下因傅奕灭佛、道，至今民众言论汹汹。可请皇上一并下诏，罢傅奕原意，使天下僧、尼、道士、女冠各复依旧，则天下即安。”
李世民点头道：“对，此二事当请父皇下诏。然李艺据泾州，李瑗、王君廓据幽州，他们手握重兵，且与大郎生前最为亲善。我可以不问他们，然他们万一起兵反叛，能同时赦免他们吗”
房玄龄说道：“李艺和李瑗又与东宫旧属不同，他们居兵在外，心思难测，应该早做防备。”
第二日，李渊果然下诏，主要内容是赦免东宫与齐王府之罪，另罢傅奕之议。后二日，屈突通领命出镇洛阳，长孙无忌为行军总管出镇京城之西。
冯立、冯翊、谢叔方等人见了朝廷的诏令，走出终南山向李世民投降，李世民好言抚慰，另为他们授任官职。其中只有一个薛万彻自以为得罪李世民太过，加之其性格倔强，仍旧藏身于终南山中。李世民闻讯，唤来薛万均道：“乃弟也是忠于所事，真义士也。你可前去诏谕他，申言我意赦免其罪，让他速速返京为朝廷出力。”薛万均那日未及逃亡，后被赦免，亲眼目睹了李世民确实不再为难原太子之人。他欣然领命，入终南山找到薛万彻，如此往返三次，终于把薛万彻劝说回来。
李世民却对魏征耿耿于怀，他派人将魏征带到显德殿，劈面问道：“魏征，你为原东宫洗马，好好掌握文章图籍也就罢了，缘何不务正业，专事挑拨离间我们兄弟之情”
座下的房玄龄、杜如晦等人甚惜魏征其才，不忍见魏征因此有罪。现在见李世民雷霆动怒，有心想替魏征说话，终于碍于李世民的威严不敢吭声，内心里暗暗替魏征担心。
孰料魏征神色自若，脸上没有一点害怕的样子，坦言对曰：“若先太子早从魏征之言，必无今日之祸。”他又微笑着对房玄龄等人道，“若是这样，则魏征今日之位就是你们站的地方。”
李世民看着魏征此时的表情，忽然想起了李靖当初被缚来见李渊时的情景，遂改容悠悠问道：“魏征，我知道你有才能。可是你毕竟投错了门庭，心中难道没有遗憾吗”魏征眉目间晃过一丝无奈之色，然后昂然道：“不然，先太子虽没有殿下如此决断凌厉，然他宽仁为怀，属下归心。魏征仅冲着这一点，就是死了也终究不后悔。”
李世民冷笑道：“好一个魏征，你竟然先用话儿扣着我。你定是想说我不如先太子，对你有些斤斤计较了吗你既有如此机心，我问你，若复你官职，当前能为朝廷办些什么事情”
“魏征心想，殿下如今以安定天下为第一要务，这就有用得上魏征的地方。殿下势力向东仅止洛阳，而山东、河北之地，先太子在那里树恩不少，若殿下放魏征去宣慰，则魏征就成了一个活靶子，那里的人定会体会到殿下的宽仁之意。”房玄龄、杜如晦听魏征说出这样一个主意，甚是钦佩他的心智敏锐，想李世民定然不会再为难他，刚才吊起的心又落了下来。
果然，李世民改容待之，哈哈一笑说道：“魏征，我果然没有看错你。大郎若对你言听计从，我焉有翻身的余地你今日若对我摇尾乞怜，那就不是你了。玄龄、如晦，我意委魏征东宫詹事主簿之职，你们以为如何”
房玄龄道：“魏征今入东宫，我和如晦最为高兴，想他定能助殿下一臂之力。”
李世民正色道：“魏征，你从今日成为我的幕僚，唯勤谨办事方为正道，此点你要切记，以前的鬼蜮伎俩不可再使，且想也不要想”顿了顿，他又说道，“至于我是否宽仁，你可留待时日观察，到时候再作结论。”
魏征到了此时，方拜道：“魏征其实早知殿下之英名，惜缘分不好未早追随。今后我定当恪尽职守，忠心办事。只是我性格正直，言语之间不顾忌许多，若因此触怒殿下，唯望殿下能体会大节，不追究属下的一言之失。”
这次轮到高士廉笑了，说道：“魏征，你怎么会是这样的脾气，什么事情都要辩个清清楚楚吗”